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Initiation à la Chémoinformatique
Structure 3D et Criblage virtuel

Formation Inter-Entreprise

2 jours
880 €

Ce stage peut-être réalisé en Intra : Nous consulter

Dates de formation

Référence SGI18-0184A :
du 16/05/2019 au 17/05/2019

Lieu de la formation

Université de Strasbourg - Service Formation Continue

21 Rue du Maréchal Lefebvre,
67100 Strasbourg
France

Renseignements & inscriptions

Sandra GRISINELLI

21 Rue du Maréchal Lefebvre 67100 Strasbourg, France
03 68 85 49 98

Sauf le vendredi après-midi

03 68 85 49 29
s.grisinelli@unistra.fr

Contexte

La Chémoinformatique fait amplement usage de modèles pour prédire l’activité biologique d’une molécule à partir des interactions non covalentes qu’elle établit avec sa cible protéique spécifique. Toutefois, ces modèles sont simplifiés afin de traiter de très grands nombres d’hypothèses. Ceci se traduit par l’utilisation du concept de pharmacophore et celui de score pour les logiciels de docking. Ces approches sont d’intérêt dans l’industrie pharmaceutique pour la recherche de touches par criblage virtuel de chimiothèques ou pour optimiser une tête de série.

Personnes concernées

Chimistes (Bac+3 ou plus), techniciens supérieurs (DUT) ayant une expérience en gestion des bases de données, logiciels de modélisation, souhaitant élargir leur domaine de compétence.

Compétences à l'issue de la formation

  • prédire l’activité biologique d’une molécule à partir des interactions non covalentes
  • établir une cible protéique spécifique
  • utiliser le concept de pharmacophore et celui de score pour les logiciels de docking

Programme

La structure 3D des molécules : Lecture de complexes entre une molécule bioactive et sa protéine cible ou comment rationaliser le lien entre similarité moléculaire et similarité d’activité ; Recherche dans les bases de données structurales (ProteinDataBank, Cambridge Structure Databank) ; Flexibilité moléculaire et échantillonnage conformationnel.

Pharmacophore : identification dans une série de molécules actives des déterminants moléculaires pour la liaison à la protéine cible.

Docking : prédiction de la géométrie d’une molécule active dans le site de liaison de sa protéine cible. 

Criblage virtuel d’une chimiothèque par les approches pharmacophore et docking : importance des scores et du traitement chémoinformatique des données. Bilan et discussion, ouverture sur d’autres méthodes (comparaison de forme, comparaison de sites de protéines, prédiction de « droguabilité »).     

Pré-requis

Connaissances de base en informatique.     

Méthodes pédagogiques

L’enseignement se déroulera au sein de la Faculté de Chimie, dans une salle réservée à cette formation, équipée de 21 PC LINUX, d’une imprimante et d’un vidéo projecteur.

Les cours seront délivrés en Anglais et Français.

Logiciels utilisés dans les cours : Logiciels commerciaux (Benchware3DExplorer, MOE, ROCS, FlexX, Gold, LigandScout. Liste non contractuelle sous réserve de modifications).     

Responsable scientifique

M. Gilles MARCOU, Maître de Conférences, Faculté de Chimie.

Courriel : g.marcou@unistra.fr

Intervenants

Esther Kellenberger, Professeur à l’Université de Strasbourg.

Gilles Marcou, Maître de Conférences à l’Université de Strasbourg.

Dragos Horvath, Directeur de Recherche au CNRS.     

Nature et sanction de la formation

Cette formation constitue une action d’adaptation et de développement des compétences.

Elle donne lieu à la délivrance d’une attestation de participation.

Une évaluation en fin de formation permet de mesurer la satisfaction des stagiaires ainsi que l’atteinte des objectifs de formation (connaissances, compétences, adhésion, confiance) selon les niveaux 1 et 2 du modèle d’évaluation de l’efficacité des formations Kirkpatrick.     

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