Biologie moléculaire des génomes et introduction à la bioinformatique
Compétences à l'issue de la formation
- Connaître les nouvelles stratégies de séquençage et d’étude fonctionnelle des génomes, choisir la méthode en fonction des objectifs.
- Comprendre les langages et concepts utilisés en génomique et dans les banques de données biologiques disponibles sur le WEB (inférence, homologie, similarité, ontologie…),
- Utiliser des méthodes d’alignement de séquences et en interpréter les résultats,
- Faire le lien entre séquence, structure et fonction, en utilisant des outils adaptés.
Personnes concernées
La formation s’adresse de manière générale aux techniciens, ingénieurs et chercheurs en biologie moléculaire, biochimie et chimie désirant approfondir les notions, termes et concepts de la génomique et de la bio-informatique. Elle peut intéresser toute personne souhaitant tirer le meilleur parti de l’utilisation combinée des outils de biologie moléculaire et de comparaison des données par analyse bio-informatique, pour exploiter les données et résultats. Elle s’adresse également aux personnes issues de la biologie moléculaire ou de la chimie, travaillant à l’interface avec des bio-informaticiens et désirant décrypter le langage propre à la génomique.
Aucune notion de bio-informatique n’est requise.
Programme
- Bases et concepts de génomique
- Description des principales banques de données génomiques, nucléotidiques et protéiques (Nucléotide, Refseq, Uniprot, PDB, Pfam…)
- Structure tridimensionnelle des acides nucléiques et des protéines.
- Description et utilisation des outils d’alignement de séquences ; analyses de séquences.
- Démonstrations et utilisation de logiciels de visualisation et de manipulation de biomolécules.
Méthodes pédagogiques
L’utilisation des mathématiques et du jargon informatique sera maintenue à un strict minimum, l’accent sera mis sur le concept utilisé.
Le stage s’articule en deux parties : une partie théorique de 3 demies-journées et une partie pratique de 5 demies journées, pour permettre aux stagiaires de manipuler au maximum les séquences et données de génomique.
Responsable scientifique
Mme Véronique LEH, Maître de Conférences, Institut de Botanique, Faculté des Sciences de la Vie, Université de Strasbourg.
Courriel : vleh@unistra.fr
Animation
Mme Valérie FRITSCH, Maître de conférences.
Mme Véronique LEH, Maître de conférences.
Mme Anne FRIEDRICH, Maître de conférences.
Nature et sanction de la formation
Cette formation constitue une action d’adaptation et de développement des compétences.
Elle donne lieu à la délivrance d’une attestation de participation.
Une évaluation en fin de formation permet de mesurer la satisfaction des stagiaires ainsi que l’atteinte des objectifs de formation (connaissances, compétences, adhésion, confiance) selon les niveaux 1 et 2 du modèle d’évaluation de l’efficacité des formations Kirkpatrick.